1956年—1959年，医院新建门诊部、住院部楼各一幢，面积分别为2500M²、2600M²。两幢大楼的投入使用扩大了医院的规模。

1957年9月，中国红十字总会同意昆明红十字分会更名为昆明红十字会，医院正式更名为昆明红十字会医院（云南大学附属医院前身）。随着医院规模的扩大和党员人数的增加，医院党支部委员会改为党总支委员会，通过一系列的政治运动经思想教育和实际工作的锻炼考验，部分骨干已成为光荣的共产党员。

1959年—1960年，在总路线和大跃进的鼓舞下，医院贯彻“两条腿走路的方针”，卫生工作着重是“整顿、巩固、提高”，全院精简下放20人支援农业生产。1962年，昆明市卫生局将红会医院更名为昆明市第三人民医院。